两者的主要区别是资质的发证机关不同、承包的范围不同。相对来说，建筑智能化工程专业承包企业资质的范围大，以属于综合性的资质；安防工程企业资质范围小，属于专业性的资质。详细内容：
1、建筑智能化工程专业承包企业资质壹级，由中华人民共和国建设部颁发，可承担各类建筑智能化工程的施工（比如安防工程、计算机网络工程、楼宇控制工程、多媒体会议工程、一卡通工程、机房工程等）。
2、安防工程企业资质（安全技术防范行业资信等级），由当地省级安全技术防范行业协会颁发证书，主要承担安防工程（比如监控、门禁、电子巡更等子系统）。其他涉及智能化工程的专业资质：建筑智能化系统设计资质，由中华人民共和国住房和城乡建设部颁发；机算机信息系统集成资质，由中华人民共和国工业和信息化部颁发；涉及国家秘密的机算机信息系统集成资质，由国家保密局颁发。还有声频工程企业综合技术资质等。
